等位基因（allele又作allelomorph）一般指位于一对同源染色体的相同位置上控制着相对性状的一对基因。
如果在同源染色体上的基因（或基因座）上的两个等位基因是相同的，那么该个体对此性状来说成为纯合子。如果等位基因不同，该个体对该性状来说是杂合子。在杂合子配对中，显性等位基因使隐性等位基因的性状得不到表现。某些成对基因的两个成员为共显性的，即彼此间没有显性和隐性的关系。例如人类的ABO血型系统：AB血型的人有一个等位基因决定A，一个等位基因决定B（既无A又无B等位基因的人的血型为O型）。多数性状由两个以上的等位基因决定。
